原核mRNA测序
mRNA测序是研究原生生物转录组的有效手段，可以直接对特定样品在某一状态下产生的所有mRNA进行高通量测序，在获得基因表达信息的同时，推测mRNA的表达量，对基因进行注释等
STR分析(微卫星）
多态性标志STRs，即串联重复序列(simple tandem repeats)，或称简单重复序列（simple sequence repeats, SSR），又称微卫星（microsatellite
焦磷酸甲基化测序
焦磷酸测序技术（Pyrosequencing）作为一种新的序列分析技术，能够快速地检测甲基化的频率，对样品中的甲基化位点进行定性及定量检测，为甲基化研究提供了新的途径，
全基因组重测序（变异位点 遗传进化 基因预测）
全基因组范围内查找个体或群体间DNA水平各种类型的变异，进行遗传进化分析；通过单体型预测，进行全基因组关联分析（GWAS）。
m6Am-Exo-seq mRNA测序
m6Am——在 m6A 修饰的基础上，同一个腺苷酸残基的核糖的 2’ 羟基也被甲基化，产生 2’ 甲氧基结构（2’-O-CH3）。
16S/18S/ITS等扩增子测序
利用二代高通量测序技术，对微生物的16S rDNA及ITS高变区域，分析环境中的细菌、古细菌以及真菌的种类组成和构成，揭示环境样品中微生物种类以及它们之间的相对丰度、进化关系，进一步探讨微生物多样性。